Красноярский автотранспортный техникум был организован Приказом Министерства автомобильного транспорта и шоссейных дорог РСФСР № 164 от 07.05.1965 г. на основании Постановления Совета Министров РСФСР от 05.06.1961г. № 696 с названием «Красноярский автомобильно-дорожный техникум», на базе учебно-консультационного пункта Свердловского Автодорожного техникума.
Приказом Министерства автомобильного транспорта РСФСР № 128-У от 29.04.1971 г. техникуму присвоено новое громкое и красивое название «Красноярский автотранспортный техникум».
Приказом Министерства транспорта РФ № 160 от 30.11.2001 г. переименован в ГОУ СПО «Красноярский автотранспортный техникум».
Приказом Министерства транспорта РФ № 108 от 26.11.2004 г. переименован в ФГОУ СПО «Красноярский автотранспортный техникум».
Приказом Министерства образования и науки РФ № 1413 от 17.11.2005 г. принят в ведение Федерального агентства образования.
На основании распоряжения Правительства РФ от 29.12.2011 г. N 2413-р «О передаче субъектам Российской Федерации федеральных государственных образовательных учреждений среднего профессионального образования» ФГОУ СПО «Красноярский автотранспортный техникум» передан в Красноярский край.